آیتﷲ شهید سید علی خامنهای، در دهه نخست دوران جمهوری اسلامی، نماینده مجلس و سپس رئیسجمهور بود که منصب شرعی محسوب نمیشدند، ولی همزمان از سوی امام خمینی به امامت جمعه تهران منصوب شده بود و در اولین انتخابات خبرگان رهبری نیز بهعنوان یکی از برگزیدگان مردم تهران به مجلس خبرگان راه یافت که شرط آن اجتهاد دستکم در حد تجزی است. در جلسه روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ نیز برخی از اعضای خبرگان به اجتهاد مطلق ایشان شهادت دادند.
شاید نخستین حضور رسانهای شهید آیتﷲ سید علی خامنهای با موضوع فقه، به دی ماه سال ۱۳۶۶ برگردد، جایی که درباره حیطه اختیارات ولیفقیه در خطبههای نماز جمعه سخن گفت و اختیارات ولیفقیه را در چارچوب احکام اولیه شرعی دانست. این اظهارنظر از سوی امام خمینی که بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی و نظریهپرداز ولایتفقیه بود تخطئه شد. امام خمینی سخنان آیتﷲ خامنهای را بهکلی مغایر با نظرات خود ارزیابی کرد. آیتﷲ خامنهای در نامهای کوتاه توضیح داد که نظرات امام را جزو مسلمات فقه میداند و آنها را قبول دارد. امام خمینی نیز در نامه دیگری که منتشر کرد آیتﷲ خامنهای را معتقد به مبانی ولایت مطلقه فقیه توصیف کرد.
پیش از آن البته آیتﷲ خامنهای در موارد مختلفی اظهارنظر فقهی کرده بود ولی هیچکدام بازخورد رسانهای گستردهای پیدا نکرده بود. بخشی از سخنانش که سویههای فقهی نیز داشت در کتاب «هنر از دیدگاه سید علی خامنهای» در سال ۱۳۶۷ منتشر شده بود.
آیتﷲ خامنهای در فاصلهای کمتر از دو سال بعد از آن خطبه معروف، خود در جایگاه ولایتفقیه نشست و پس از پنج سال نیز بهعنوان یکی از مراجع تقلید شیعه معرفی شد.
در سالهای نخستین دهه هفتاد، استفتایی درباره جواز یا عدم جواز اعتصاب کارگران منتشر شد، چند فقیه بر اساس مبانی و نگاه خود پاسخهایی داده بودند و از جمله آیتﷲ شهید خامنهای در پاسخ استفتا نوشته بودند که هر کاری که باعث تضعیف نظام جمهوری اسلامی باشد حرام است.
در ۱۴ خرداد سال ۱۳۸۹ در سخنرانی سالانه به مناست سالگرد رحلت امام خمینی که معمولاً به سخنرانی درباره مفاهیم بنیادین جمهوری اسلامی اختصاص داشت، درباره وجوب حفظ نظام سخن گفت و دلایل فقهی آن را تبیین کرد. و توضیح داد که حفظ اسلام، آن هم اسلام ناب و تحریفنشده، وابسته به حفظ نظام جمهوری اسلامی است.
شاید بتوان جنجالیترین فتوای فقهی آیتﷲ شهید همان فتوای حرمت ساخت سلاح هستهای دانست، همان که فراتر از زندگی روزمره مردم سر از رسانههای جهانی و آژانس بینالمللی انرژی هستهای درآورد. آیتﷲ خامنهای با وجود دلالت روشن آیه ۶۰ سوره انفال «وَ أَعِدُّوا لَهُمْ مَا اسْتَطَعْتُمْ مِنْ قُوَّةٍ وَ مِنْ رِبٰاطِ الْخَيْلِ تُرْهِبُونَ بِهِ عَدُوَّ اللّٰهِ» ساخت بمب هستهای را جایز ندانست و در سخنرانی ۱۴ خرداد ۱۳۸۷ اشاره کرد که بمب هستهای بازدارندگی ندارد. در واقع نگاه موضوعشناسانه او به سلاح هستهای و شناختی که از روابط بینالملل و چگونگی توازن قدرتهای سیاسی داشت او را به این نکته رسانده بود که سلاح هستهای «قابل اجرا و قابل استفاده نیست» و «جز هزینه ایجاد و نگهداری فایده دیگری ندارد». در جمع دانشمندان هستهای در سال ۱۳۹۰ نیز تصریح کرد که سلاح هستهای «قدرتآفرین» نیست.
از دیگر فتواهای خاص آیتﷲ شهید خامنهای، فتوا به حرمت توهین به مقدسات اهلسنت است. آیتﷲ شهید جزو عالمان تقریبی محسوب میشد و تلاش میکرد تنشهای بین مذاهب را بکاهد و در همین راستا هم با عالمان دیگر مذاهب ارتباطی روشن داشت و هم در مواضع و سخنرانیها به این نکته توجه کامل داشت. در پیامی که به مناسبت ترور یکی از عالمان اهلسنت کردستان صادر کرد برای آن عالم طلب رحمت کرد، چنان که در شهادت مبارزان فلسطینی چون اسماعیل هنیه نیز آنان را شهید و مستحق رحمت الهی دانست. فتوای حرمت توهین به مقدسات اهلسنت نیز در همین گفتمان تقریبی قابل تحلیل است. آیتﷲ در خاطرهای که رضا امیرخانی نقل کرده است، رفتار خود را نه یک تاکتیک بلکه یک اعتقاد اساسی توصیف کرده بود.
و شاید آخرین نظر فقهی خاص آیتﷲ، فتوا به جواز تقلید از زنان باشد که چند ماهی پیش از شهادت و در آذر ماه ۱۴۰۴ در یک سخنرانی به مناسبت تولد حضرت فاطمه زهرا(س) آن را بیان کرد. نگاه آیتﷲ شهید به مسائل فقهی زنان مجالی دیگر میطلبد.
